Ponant naît à Marseille en 1988, quand un groupe d'officiers de la marine marchande française décide de faire naviguer de petits navires là où les grands ne passent pas. Le premier est un trois-mâts, et l'idée n'a pas changé depuis : peu de passagers, un tirant d'eau qui permet d'entrer dans les criques, et un équipage qui connaît la mer avant de connaître le service.
Depuis 2015, la compagnie appartient à Artémis, le groupe de la famille Pinault. La flotte compte aujourd'hui un brise-glace polaire, des voiliers, des navires d'expédition construits en série et, depuis 2019, le Paul Gauguin en Polynésie. À bord, la langue est le français, la cuisine aussi, et une équipe de naturalistes et de guides encadre chaque débarquement en zodiac.